MRM（Multiple Reaction Monitoring）和PRM（Parallel Reaction Monitoring）是近年来在定量蛋白组学研究中广泛应用的高灵敏度、高特异性的质谱分析技术。这些技术在复杂生物样本中对目标蛋白质进行精准定量，广泛应用于生物标志物验证、药物靶点研究、疾病机制探索等领域。与传统的非靶向蛋白组学方法相比，MRM和PRM能够实现对特定肽段的高选择性监测，显著提升了检测的重复性和定量准确性。特别是在低丰度蛋白的检测中，这两种技术展现出卓越的性能。通过预先设定目标肽段及其特征碎片离子，MRM和PRM能够在复杂的质谱背景中“锁定”目标信号，从而实现高通量、高可靠性的定量分析。
检测项目
MRM/PRM定量蛋白组学分析主要针对特定目标蛋白进行检测，常见检测项目包括：疾病相关生物标志物（如肿瘤标志物AFP、CEA、PSA等）、信号通路关键蛋白（如AKT、ERK、p53等）、药物代谢酶与转运蛋白、免疫调节因子以及细胞凋亡相关蛋白等。这些项目通常基于前期高通量筛选（如DDA发现蛋白组学）的结果，选择具有潜在生物学意义的候选蛋白进行验证性定量。此外，在临床转化研究中，MRM/PRM常用于多肽疫苗疗效监测、蛋白质翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化）的动态变化分析等。
检测仪器
MRM分析通常依赖于三重四极杆质谱仪（Triple Quadrupole Mass Spectrometer, QqQ），如AB Sciex的TripleTOF® 5600+、API 4000/5500/7500系统，或Thermo Fisher的TSQ系列（如TSQ Altis、Quantiva）。这类仪器具备高灵敏度、宽动态范围以及优异的定量重复性，特别适用于多肽的多反应监测。而PRM分析则主要在高分辨率、高精度的质谱平台上进行，如Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos、Q Exactive HF-X或Bruker的timsTOF Pro。这些仪器能够同时监测目标肽段的所有碎片离子，提供更全面的结构信息和更高的特异性。
检测方法
MRM/PRM定量蛋白组学的检测流程通常包括样本制备、肽段富集、液相色谱分离、质谱检测及数据处理。首先，蛋白样本经过裂解、还原、烷基化和胰酶消化，转化为肽段混合物。随后通过液相色谱（如nanoLC或UPLC）进行分离，进入质谱仪检测。在MRM模式下，第一个四极杆（Q1）选择母离子，第二个四极杆（q2）进行碰撞诱导解离（CID），第三个四极杆（Q3）选择特定的子离子进行检测，实现“母离子→子离子”的离子对监测。PRM则在Q1选择目标母离子后，在高分辨质量分析器（如Orbitrap）中同时检测所有碎片离子，通过数据依赖或靶向采集方式获取完整二级谱图。定量通常依赖于稳定同位素标记的内标肽段（如SIS, Stable Isotope-labeled Standard）进行校准，确保结果的准确性和可重复性。
检测标准
为确保MRM/PRM定量结果的可靠性，国际上已建立一系列技术标准和质量控制规范。例如，美国国家癌症研究所（NCI）发起的Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium（CPTAC）制定了严格的靶向蛋白组学验证流程，包括方法开发、特异性验证、线性范围、精密度（CV ≤ 15%）、定量下限（LOQ）评估等。此外，数据需满足至少两个特异性肽段、每个肽段至少两个高丰度子离子的监测要求。在数据分析方面，常用Skyline、QualBrowser、Pinpoint等软件进行峰面积积分与定量计算，并遵循MIQE（Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments）类似的指导原则，确保实验可重复、数据可追溯。最终结果需通过方法学验证（如准确度、精密度、稳定性、基质效应评估）后方可用于科研或临床应用。
