丛赤壳（学名：Nectria haematococca，现多归类于Fusarium属，暂称“丛赤壳”）是一种广泛存在于土壤和植物残体中的丝状真菌，常见于豆科、茄科等作物根部，具有较强的腐生和弱寄生能力。该菌可引起多种植物根腐病、茎基腐病及种子霉变，严重影响农作物产量与品质。近年来，随着设施农业和连作种植模式的普及，丛赤壳的感染风险显著上升，对其快速、准确的检测已成为植物病害防控的关键环节。因此，建立科学、系统的丛赤壳检测体系，涵盖检测项目、检测仪器、检测方法和检测标准，对于保障农业生产安全、推动绿色防控具有重要意义。
检测项目
丛赤壳的检测项目主要包括：病原菌的形态学鉴定、分子生物学检测、毒素产生能力分析以及在植株组织中的定殖情况评估。形态学检测主要观察其子囊壳形态、分生孢子形态及颜色特征；分子检测则聚焦于特异性基因片段（如ITS、TEF-1α、β-tubulin等）的扩增与测序；此外，还需检测其是否产生镰刀菌毒素（如单端孢霉烯族毒素DON、ZEN等），以评估其对食品安全的潜在威胁。对于田间样品，还需进行病原菌载量测定和组织侵染程度分析。
检测仪器
丛赤壳检测依赖多种精密仪器以确保结果的准确性与可重复性。常用的检测设备包括：PCR扩增仪（用于DNA扩增）、实时荧光定量PCR仪（qPCR，用于病原菌定量检测）、电泳系统（用于DNA片段分离与检测）、生物显微镜及相差显微镜（用于形态学观察）、高速离心机（用于样本DNA提取）、超净工作台与恒温培养箱（用于真菌分离培养）、高效液相色谱仪（HPLC）或液相色谱-质谱联用仪（LC-MS/MS，用于毒素检测）。此外，核酸提取仪和微量分光光度计也常用于DNA纯度与浓度测定。
检测方法
丛赤壳的检测方法可分为传统方法与现代分子技术两大类。传统方法包括：组织分离法——将病株根茎组织表面消毒后接种于PDA培养基，观察菌落形态与产孢结构；显微镜观察——利用乳酸酚棉蓝染色对子囊壳和分生孢子进行形态鉴定。现代检测方法则以分子生物学技术为主，如PCR检测使用特异性引物扩增ITS或TEF-1α基因片段，结合测序比对实现精准鉴定；实时荧光定量PCR可实现病原菌在土壤或植株中的快速定量；多重PCR技术可用于同时检测多种镰刀菌复合种。此外，宏基因组测序技术也逐步应用于复杂样本中丛赤壳的高通量筛查。
检测标准
目前，针对丛赤壳的检测尚无统一的国际标准，但可参考相关真菌检测的技术规范。中国农业行业标准《NY/T 1468-2007 农作物种子真菌检测技术规程》和《GB 4789.15-2016 食品微生物学检验 霉菌和酵母计数》为样本处理与培养提供了基础依据。在分子检测方面，可参照《ISO 21571:2005 食品和饲料中DNA分析——核酸提取指南》及《ISO 22118:2011 实时PCR检测食品中特定DNA序列》等国际标准。实验室应建立标准化操作流程（SOP），确保DNA提取、PCR扩增、电泳分析等步骤的可重复性，并通过阳性对照、阴性对照和空白对照确保检测结果的可靠性。对于毒素检测，应遵循《GB 2761-2017 食品中真菌毒素限量》规定的检测限和方法要求。
