以下是一篇关于circRNA测序（环状RNA测序）的完整技术指南，重点围绕检测项目展开，涵盖技术原理、检测内容、分析流程和应用方向，适用于科研与临床场景。
circRNA测序：技术原理与核心检测项目
一、技术概述
circRNA（环状RNA） 是一类具有闭合环状结构的非编码RNA分子，由前体RNA通过反向剪接形成。其特点包括：
- 高稳定性（抵抗RNA外切酶降解）
- 组织/发育阶段特异性表达
- 调控基因表达（如miRNA海绵、蛋白互作等）
circRNA测序 是通过高通量测序技术（如Illumina平台）结合生物信息学分析，系统性鉴定和定量样本中circRNA的技术。
二、核心检测项目
1. circRNA鉴定与表达谱分析
2. 差异circRNA分析
3. 结构特征分析
4. 功能预测与机制研究
5. 多组学联合分析
三、实验流程关键步骤
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样本处理
- 样本类型：组织、细胞、血浆外泌体等
- RNA提取：确保完整性（RIN > 7.0）
- RNase R消化：去除线性RNA，富集circRNA（核心步骤）
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文库构建
- 建库策略：rRNA去除 + 链特异性建库
- 测序深度：推荐≥20 million reads/样本（人/鼠基因组）
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生信分析流程
Mermaid
四、质量控制指标
五、应用场景
- 生物标志物开发
- 疾病早期诊断（如癌症、神经退行性疾病）
- 血浆circRNA作为无创液体活检标志物
- 机制研究
- 细胞增殖/凋亡调控通路
- 耐药性产生机制
- 治疗靶点筛选
- 靶向circRNA的siRNA或ASO设计
六、结果交付内容
- 原始数据：FASTQ格式
- 分析结果：
- circRNA表达矩阵
- 差异表达circRNA列表
- circRNA-miRNA互作网络图
- GO/KEGG富集分析报告
- 可视化图表：
- 火山图、热图、PCA图
- circRNA结构示意图（如Circos图）
七、技术优势与挑战
八、文献与工具推荐
- 数据库：
- circBase：已知circRNA注释库
- CircInteractome：互作预测数据库
- 分析工具：
- CIRCexplorer3：整合流程
- CirComPara：差异表达分析
总结：circRNA测序是研究环状RNA的核心技术，通过系统检测表达谱、结构特征和调控网络，为疾病机制和精准医疗提供关键数据支撑。设计实验时需重点关注RNase R消化效率和生信分析流程的严谨性，以确保结果的可靠性。
如需特定物种（如植物、微生物）或临床样本（FFPE、外泌体）的定制化方案，可进一步扩展技术细节。