以下是一篇关于lncRNA测序（长链非编码RNA测序） 的完整技术文章，重点聚焦于检测项目、技术流程与应用方向，适用于科研人员、医学研究者及生物信息学从业者参考。
LncRNA测序技术详解：从样本到功能分析的完整检测流程
一、LncRNA简介
长链非编码RNA（Long Non-coding RNA, lncRNA） 是一类长度 >200 nt、不编码蛋白质的RNA分子，在基因表达调控、表观遗传修饰、细胞分化等过程中发挥重要作用，与癌症、神经疾病、发育异常等密切相关。
二、核心检测项目与技术流程
（一）样本要求与制备
关键步骤： 使用链特异性建库（strand-specific library prep）确保保留lncRNA方向信息。
（二）测序平台选择
推荐深度：
- 基础表达分析：50–100 million reads/sample
- 新lncRNA挖掘：≥100 million reads/sample
（三）核心检测分析项目
1. 基础分析（必做）
- 数据质控：FastQC, Trimmomatic 过滤低质量序列
- 比对与定量：
- 比对工具：HISAT2, STAR
- 参考基因组：GENCODE / Ensembl（含lncRNA注释）
- 表达定量：
- 工具：StringTie, Cufflinks
- 输出：lncRNA表达矩阵（FPKM / TPM）
2. 高级分析（按需选择）
（四）功能验证实验建议（湿实验）
- RT-qPCR验证：验证高表达/差异lncRNA
- 沉默/过表达：siRNA/shRNA敲低，观察表型变化
- RNA原位杂交（RNA-FISH）：亚细胞定位
- RIP-seq/CLIP-seq：验证lncRNA与蛋白互作
- CRISPRi/a：靶向调控lncRNA启动子
三、应用场景
四、技术优势与挑战
优势：
- 高灵敏度、全基因组覆盖
- 可同时分析mRNA、circRNA、lncRNA
- 发现新转录本及异构体
挑战：
- 低丰度lncRNA检测需高深度测序
- 功能注释数据库不完善（如NONCODE, LncBook）
- 实验验证周期长、成本高
五、结果交付内容
- 原始数据：FASTQ格式
- 分析报告：
- QC报告（测序质量、比对率）
- 表达矩阵及差异基因列表
- 富集分析图谱（气泡图、网络图）
- 新lncRNA结构注释（GTF文件）
- 可视化结果：
- 热图、火山图、PCA降维图
- lncRNA-mRNA共表达网络图
六、案例展示（乳腺癌研究）
研究设计：
- 样本：10对癌vs癌旁组织
- 测序：Illumina PE150, 100M reads/sample 发现：
鉴定出LINC00668在肿瘤中高表达，通过ceRNA机制吸附miR-382-5p，促进下游致癌基因CDK4表达，敲低后抑制癌细胞增殖（WB验证）。
七、未来发展方向
- 单细胞lncRNA测序：解析细胞异质性
- 空间转录组整合：定位组织微环境中的lncRNA
- 长读长测序：精准解析lncRNA结构变异
- AI驱动功能预测：DeepLncRNA等算法优化
结语 lncRNA测序是揭示疾病机制和生物过程调控网络的关键工具。设计实验时需明确研究目标（表达谱/新lncRNA/功能机制），选择匹配的检测项目，并结合多组学数据与实验验证，才能最大化研究成果的价值。
附：常用数据库资源
- LncRNA注释：NONCODE, LncBook, GENCODE
- 功能预测：LncRNA2Function, LncSEA
- 互作数据库：NPInter, RAID v2.0
建议在项目启动前进行预实验评估RNA质量，并咨询生信团队确定分析方案。